1、形成不同
纯净水是以符合生活饮用水卫生标准的水为原料，采用多种工艺，把水中的重金属、三卤甲烷、有机物、放射性物质、微生物等有害、有毒、有异味物大部分去掉，消除对人体健康的直接和潜在危害，然后以桶装的形式上市销售，供给人们饮用。
矿泉水的形成是复杂的。它是由地下水流经了含有不同组分的岩层，经溶滤作用、阴阳离子交换吸附、生物地球化学等一系列物理、化学作用，使岩石中的微量和常量组分进入了地下水，富集到一定程度而形成各种不同类型的矿泉水。
2、成分不同
纯净水是通过蒸馏、反渗透等技术来净化原水的，而在去除有害物质的同时，也除去了几乎所有对人体有益的微量元素和矿物质。它是不含杂质,无菌,易被人体吸收的含氧活性水。
矿泉水和自来水、纯净水不同，它含有锂、锶、锌、碘、硒等20多种微量元素和矿物质，有的还含有比较丰富的宏量元素，如富含Ga、Mg、K、Na等离子。
3、饮用方法不同
纯净水是直接可以饮用的水，无所谓加热或者煮沸，夏天一般凉饮，冬天加热后饮用的多。
矿泉水一般不应加热，可以稍微加温，不要煮沸。因为矿泉水含有钙、镁等宏量元素呈较多，有一定硬度，在常温下呈离子状态，加温煮沸后钙、镁等离子易与碳酸根生成水垢析出，所以矿泉水饮用方法是在常温下直接饮用。